История монастыря берет свое начало в 1385 г., когда была заложена Троицкая пустынь в честь замирениния Московского и Рязанского князей. Это одна из заветных обителей преподобного Сергия Радонежского. По одному преданию раненный на Куликовской битве воин, испив из местного источника, получил исцеление и остался подвизаться в этом месте. Его в видении посетил преподобный Сергий и благословил основание обители: «Пусть воля Божия тут сотвориться».
С конца 1620-х известно первое документальное свидетельство о Свято – Духовом монастыре, который именовался как монастырь Святой Живоначальной Троицы. Был небогат, в 1764 указом императрицы Екатерины II упразднен. На его месте устроена богадельня.
В 1786 г. в его постройки переведена братия сгоревшего рязанского Духова монастыря, в связи с чем восстановлен и назван Свято-Духовым.
В монастыре имелись две церкви. Первая во имя Владимирской иконы Божией Матери – более древняя. По преданию она была домовою в усадьбе бояр Романовых. Вторая — церковь Сошествия Святого Духа, основанная не позже начала XVII в. 1880 г – дата постройки последнего здания. Это пятиглавый храм в псевдорусском стиле с трапезной, с Никольским и Ильинским приделами. Надвратная колокольня построена в начале XIX в.
К этому времени в обители также были следующие строения: настоятельские покои с братской трапезой и садом, братский двухэтажный корпус, выстроенный из камня в 1818-1830 г.г., состоявший из 24 келий, каменная баня, амбар, деревянный ледник, каменный скотный двор. Все эти сооружения построены при игуменах Аркадии и Павле в 1830-1832 годах.
В XIX в. монастырь немноголюден. Обитель закрыта в 1918 г. вскоре после революции. Постройки частично сломаны, частично переделаны. В 1921 г. в монастыре организована первая в городе советская профсоюзная школа, а затем агротехнический пункт. С 1937 г. – партийная школа. Начиная с военного времени, бывшие монастырские постройки использовались как детский дом, а после как школа-интернат.
Исторических свидетельств о захоронениях на монастырском кладбище нет, но сохранились две могилы Надежды Алексеевны Худековой (1846 -1918), жены Сергея Николаевича Худекова (1837-1928) — известного драматурга, беллетриста и либреттиста, историка балета, редактора-издателя «Петербургской газеты», создателя Ерлинского и Сочинского парков-дендрариев, и известного художника иллюстратора Баклевскго Петра Михайловича (1816 – 1897).
В настоящее время в обители располагается «Свято-Духовское Архиерейское Подворье города Скопина Рязанской области Скопинской Епархии Русской Православной Церкви. Московский Патриархат».
20 июля 2013 года был освящен домовый храм в честь сщ. мч. Игнатия епископа Скопинского, в котором совершаются богослужения.
9 марта 2017 года, на очередном заседании, Священный Синод Русской Православной Церкви под председательством Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла постановил в связи с прошением Преосвященного епископа Скопинского и Шацкого Матфея открыть Свято-Духов мужской монастырь города Скопина Рязанской области и назначить на должность игумена этого монастыря иеромонаха Феодорита (Тихонова).
В настоящее время игуменом монастыря является Феодорит, епископ Скопинский и Шацкий; и.о. наместника монастыря — иеромонах Игнатий (Долотов)
Богослужения в Игнатьевском храме Свято-Духова монастыря проходят ежедневно: утром в 7.00, вечером в 16.00. Под праздники вечернее богослужение начинается в 15.00.